Το Ταμείο έχει τη δική του ταμειακή υπηρεσία, ενεργεί τις εισπράξεις και πληρωμές, έχει την ευθύνη για τη διαχείριση των χρηματικών διαθέσιμών του και διατάκτης των δαπανών του είναι ο Πρόεδρος.

Για τη λειτουργία τους τα Ταμεία δεν επιβαρύνουν τον Κρατικό Προϋπολογισμό. Τα έξοδά τους καλύπτονται από τις υπηρεσίες που παρέχουν. Οι Πόροι του Περιφερειακού Ταμείου είναι :

• Ποσοστό 1% από τις χρηματοδοτήσεις τις οποίες διαχειρίζεται.
• Έσοδα από την επιβολή τελών, δικαιωμάτων και εισφορών.
• Έσοδα από συμμετοχή σε προγράμματα της Ε.Ε..
• Έσοδα από την παροχή υπηρεσιών, την εκτέλεση εργασιών, την διεξαγωγή ερευνών και την εκπόνηση μελετών και προγραμμάτων.
• Έσοδα από κάθε είδους επιχορηγήσεις.
• Έσοδα από δωρεές, κληροδοτήματα, κληρονομιές.
• Έσοδα από την περιουσία του Ταμείου.
• Έσοδα από κάθε άλλη πηγή.

Για την λογιστική παρακολούθηση εφαρμόζει το διπλογραφικό σύστημα με εφαρμογή του Γενικού Λογιστικού Σχεδίου, προσαρμοσμένο στις ανάγκες του και διαθέτει για τη παρακολούθηση της οικονομικής του διαχείρισης εξειδικευμένο λογισμικό σύστημα.

Μετά τη Νέα Επικαιροποίηση του Μητρώου Φορέων Γενικής Κυβέρνησης της Ελληνικής Στατιστικής Αρχής τον Οκτώβριο του 2012, εντάχθηκαν σε αυτό και τα Περιφερειακά Ταμεία Ανάπτυξης, αποκτώντας έτσι όλες τις υποχρεώσεις των Φορέων Γενικής Κυβέρνησης.

Ο Τακτικός έλεγχος των Π.Τ.Α. γίνεται από ορκωτούς ελεγκτές ή από το Ελεγκτικό Συνέδριο.

Ο έκτακτος έλεγχος των ΠΤΑ μπορεί να γίνεται :

• Από ορκωτούς λογιστές που εκλέγονται από πίνακες που υποβάλει το ΣΟΕ με απόφαση του Υπουργού Εσωτερικών, Δημόσιας Διοίκησης και Αποκέντρωσης.
• Από τριμελή επιτροπή ελέγχου που αποτελείται από τον πρόεδρο του Ελεγκτικού Συνεδρίου της έδρας της Περιφέρειας, ένα δημόσιο υπάλληλο κατηγορίας ΠΕ με εμπειρία σε θέματα οικονομικής διαχείρισης και έναν ορκωτό ελεγκτή.
• Από επιθεωρητή του Υπουργείου Εσωτερικών, Δημόσιας Διοίκησης και αποκέντρωσης. Η επιτροπή ελέγχου ή ο επιθεωρητής ορίζονται με απόφαση του Υπουργού Εσωτερικών, Δημόσιας Διοίκησης και Αποκέντρωσης.